Foi a 2 de outubro que o então inspetor e coordenador do Departamento de Investigação Criminal de Portimão, Gonçalo Amaral, foi afastado do processo e das funções, depois de declarações feitas ao Diário de Notícias em que acusou a polícia inglesa de favorecer o casal McCann nas investigações. É substituído pelo então diretor nacional adjunto da PJ, Paulo Rebelo, mas a intervenção de Amaral no caso estava longe de terminar.
Em julho de 2008 lança o livro "A verdade da mentira", com o intuito de "repor o bom nome que ficou enxovalhado na praça pública". Uma obra com revelações polémicas sobre o caso, direcionadas sobretudo, em forma acusativa, a Kate e Gerry McCann, mas não só.
A resposta do casal não se faz esperar e surge mesmo a hipótese de avançar um processo judicial contra o ex-inspetor, por difamação. Uma intenção que se concretiza em maio de 2009 e que Gonçalo Amaral encara como uma oportunidade que "permitirá ver quem difama quem".
Apesar de um outro livro, da autoria de um norte-americano, defender a mesma tese suportada por Gonçalo Amaral, "A verdade da mentira" é retirada do mercado em setembro de 2009, por decisão do Tribunal Cível de Lisboa.
O processo chega a julgamento em janeiro de 2010. De um lado, as testemunhas da defesa, que reiteravam que o livro resultava da investigação; do outro, Gerry McCann, que negava a existência de provas da morte da filha.
Apesar das críticas ao julgamento, a venda do livro manteve-se interditada. Até outubro de 2010, altura em que surge a decisão de anular a proibição da venda. Uma decisão naturalmente aplaudida pelo autor e uma decisão da qual os McCann recorreram judicialmente pouco tempo depois.
As duas partes não chegam a um acordo extrajudicial e o caso regressa à barra dos tribunais, com os pais de Maddie a exigirem uma indemnização de mais de 1 milhão de euros ao ex-inspetor.
Em janeiro de 2015, o tribunal deu como provado que o livro causou danos aos pais de Maddie, mas sem que Gonçalo Amaral tenha de vir a pagar qualquer indemnização aos McCann, pois já em janeiro deste ano, o Supremo Tribunal de Justiça negou a revisão da decisão do Tribunal da Relação, que condenava o ex-inspetor a pagar 500 mil euros ao casal.
Numa recente entrevista à BBC, Kate e Gerry revelaram que vão recorrer às instâncias europeias da decisão da Justiça portuguesa.
Instâncias e acusações paralelas a um caso em que verdadeiramente impera apenas uma pergunta, que continua sem resposta: o que aconteceu, afinal, a Madeleine McCann?