Compete ao Ministério Público iniciar as alegações finais, sendo de antever que o procurador mantenha no essencial a acusação deduzida pelo Departamento Central de Investigação Nuno Godinho de Matos, advogado dos três arguidos alemães, incluindo Horst Weretecki, vice-presidente da multinacional alemã Man Ferrostal à data da compra por Portugal de dois submarinos, disse à Lusa que vai pedir a absolvição por entender que "não foi feita a mínima prova relativamente à burla" imputada pela acusação.
Já depois da acusação, que imputava o crime de burla qualificada a vários dirigentes do Agrupamento Complementar de Empresas de Componentes Integrados para a Indústria Automóvel (ACECIA), envolvidos no contrato das contrapartidas/submarimos, a Ferrostal propôs ao Governo português uma proposta alternativa, que passava pela reconstrução do Hotel Alfamar, no Algarve.
Com base nesta proposta, a defesa dos arguidos alemães chegou a pedir aos juízes que declarasse a extinção do procedimento criminal, e cancelasse o julgamento, uma vez que o Estado português - ao ser compensado através do Hotel Alfamar - já não podia alegar ter sido lesado. O Ministério Público opôs-se e o pedido foi recusado pelo tribunal.
Segundo Godinho de Matos, entre 1999 e 2004, Weretecki "não teve qualquer intervenção" no negócio das contrapartidas, não podendo ser responsável por actos praticados em data anterior, pelo que deve ser absolvido de burla e falsificação de documentos.
Segundo a acusação, o processo das contrapartidas lesou o Estado português em mais de 30 milhões de euros.
Portugal contratualizou com o consórcio GSC a compra de dois submarinos em 2004, por mil milhões de euros, quando Durão Barroso era primeiro-ministro e Paulo Portas, ministro da Defesa Nacional.