A organização Open Russia (Rússia Aberta) informou no seu sítio na Internet que a polícia chegou às suas instalações ao início da tarde e começou a fazer buscas sem dar qualquer explicação.
O fundador, Mikhail Khodorkovsky, colocou uma foto de homens em camuflado na entrada do escritório.
Não houve comentários da polícia sobre esta operação.
A ação policial acontece quando estão marcados protestos contra Putin para sábado.
Khodorkovsky, que já foi o homem mais rico da Federação Russa, esteve 10 anos preso, depois do que foram consideradas acusações motivadas politicamente, antes de ser perdoado em dezembro de 2013 e sair do país.
No exílio, continuou a opor-se a Putin e declarou que o objetivo do seu novo movimento era garantir que o Presidente russo não vai disputar um quarto mandato nas eleições presidenciais previstas para o próximo ano.
O porta-voz de Putin, Dmitry Peskov, disse a jornalistas que as autoridades iriam reagir "dentro do quadro da lei", se as manifestações não autorizadas fossem feitas no sábado.
Também esta quinta-feira, outro dos principais opositores de Putin, Alexei Navalny, teve de ser hospitalizado depois de ter sido borrifado com um líquido de cor verde, que lhe provocou queimaduras num olho, anunciou o próprio nas redes sociais.
Navalny, que fez um documentário sobre a riqueza do primeiro-ministro russo, alegadamente proveniente de atos de corrupção, visto por mais de 20 milhões de pessoas na Internet, foi o principal promotor das manifestações, à escala nacional, em março, que foram as maiores e mais generalizadas no país, desde há vários anos.
Lusa