As autoridades alemãs crêem ainda que os dois homens tentavam angariar equipamentos e dinheiro para a organização terrorista.
A operação, que envolveu 230 agentes, decorreu em 11 propriedades da região de Berlim, a maioria nos bairros de Moabit e Wedding - ambos com muita população muçulmana.
Um dos detidos foi identificado como Ismet D. e é acusado de liderar um grupo de islamitas no distrito de Tiergarten, em Berlim.
O grupo era maioritariamente formado por turcos e cidadãos russos procedentes da Chechénia.
Ismet D., que se autoproclamou emir, dava aulas de religião ao grupo para radicalizar os seus membros e prepará-los para a "guerra santa contra os infiéis" na Síria.
O outro suspeito, identificado como Emin F., é acusado de ter apoiado financeira e logisticamente membros do grupo na sua deslocação para a Síria.
A investigação durava há vários meses. A polícia acrescentou que não há provas de que os dois homens, de 41 e 43 anos, estivessem a planear ataques na Alemanha.
A detenção ocorreu um dia depois de a polícia belga ter matado, perto da fronteira com a Alemanha, dois alegados 'jihadistas' e detido um terceiro elemento.
Durante a noite, a polícia alemã deteve em Wolfsburgo (norte do país) um alegado membro do grupo Estado Islâmico (EI).
O homem, um alemão de origem tunisina, recebeu formação militar na Síria, entre maio e agosto do ano passado.
Com Lusa