"Dezasseis pessoas foram mortas e 100 ficaram feridas", disse o porta-voz da Irmandade Muçulmana, Ahmed Aref, citado pela agência AFP.
A polícia estava a impedir os jornalistas de acederem ao local onde se registaram os incidentes, de acordo com a AFP.
Militares e agentes da polícia recorreram a gás lacrimogéneo para dispersar os apoiantes de Morsi que se manifestavam no Cairo.
Manifestantes citados pela AFP indicaram terem visto também a polícia a disparar contra os participantes no protesto.
Morsi foi o primeiro Presidente do Egito eleito democraticamente, mas esteve apenas um ano no poder.